HAPPY NEW YEAR 2010

あけましておめでとうございます。
本年もよろしくお願いいたします。

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今年３報目

今年３報目が（まだWeb版ですが）無事公開されました。

1. "Time-Domain Infrared-Visible-Visible Sum-Frequency Generation for Surface Vibrational Spectroscopy", Tomonori Nomoto and Hiroshi Onishi, J. Phys. Chem. C (letter), 113 (2009) in press (doi:10.1021/jp908308t) .
2. "Optically excited near-surface phonons of TiO₂ (110) observed by fourth-order coherent Raman spectroscopy", Tomonori Nomoto, Akira Sasahara, and Hiroshi Onishi, J. Chem. Phys., 131 (2009) 084703 (PDF).
3. "Fourth-order coherent Raman spectroscopy of liquid-solid interfaces: near-surface phonons of TiO₂ (110) in liquids", Tomonori Nomoto and Hiroshi Onishi, Applied Spectroscopy, 63 (2009) 941-946.

実際の測定が一番大変だったのは固液界面。溶媒がじゃんじゃん蒸発していくから２０分～１時間おきくらいで様子見て揮発しそうになったら溶媒追加しての繰り返しをつきっきりで昼夜連続１日以上。実験室は酢酸とか四塩化炭素、オクタノールの臭いで充満して猛烈に臭いし…。まあ実際実験したのは２年くらい前なんだけれども。

…というわけで、今年(2009年)はこれで打ち止め（今出しても2010年）。とりあえずの懸案クリアで少しHappy。…以前、某生物系知人に年３報出した人の自慢の又聞きを聞かされたことがあって、筆頭年３報以上は目下のクリア課題だったのだな。
しかしまあ、世の中上には上がいるもので、うちの研究室のKAST時代の例を見てみると年間７報という方がいらっしゃる。他にも年３くらいまでは普通にそれなりにいるし…。
定常的に出せるようになるのが今後の課題でしょうか。

ところで全然関係ないのですが先週末嵐山発高速神戸行きという阪急臨時電車に乗り合わせました。京都線・神戸線直通電車。阪急、そんな電車走らせてたのね。

           

           

           

           

           

           

           

           

           

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ここは見ていて飽きないなー

   

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なんか壮大

昨年申請を出してみたところ、ひょうご科学技術協会というところの奨励研究助成というものを頂けることになり、贈呈式なるものをやるというので、この手のものははじめてなので行ってきました。

財団最大の行事(事業？)とのことで、フリーアナウンサーが司会で兵庫県知事さんとか県議会副議長さんとか呼んでなんか壮大・・・。1人あたりはすごく多いわけではなくとも総額は県予算的にはそれなりの額だからかねぇ。それにしても知事さんってこういう外郭団体の行事にも顔出さないといけないのね…とか思う。
で、贈呈式やって写真撮影やって1時間ほどで終了。

しかし、今年は例のインフルエンザの流行があるので例年はこの後行う懇談会は中止とのこと。ここで研究者サイドから考えてみるに、この行事(贈呈式)のメリットというのは実のところ懇談会(まるで分野の違う人と話ができる)だったかもしれないことを考えると、少々残念だったかなと思ったのでした。

Metasequoiaファイル書き出し

先週末のPOV-Ray書き出しに続いて、MolStatからフリー＆シェアウェアの３Dモデラ、メタセコイアのファイルを書き出せるようにしてみた。原子半径、結合半径、モデル解像度なんかは設定パネル他で変えられます（場所が分散していてごめん）。

…というのは、ふと気がついてみるとPOV-Rayにエクスポートできる分子描画ソフトはそれなりにあるのに、３Ｄモデラにエクスポートができるソフトって少ないな…って思ったから。確かにVRML経由でモデラに持って行けるソフトならあるんだけど、結合半径とか分子半径を調整して直接モデラに持って行けるソフトってあったっけ？。それぞれ断片的な対応というか、Chem3Dみたいな分子描画ソフトって、分子を綺麗に描けるのは良いけどモデラがくっついてるわけじゃないからたとえば３ＤＣＧで概念図を描きたくてもあと一歩力及ばずなことがある気がしたんだよね。…かといって普通のモデラで分子描くのも大変そうだし。

まあともあれ、とりあえずメタセコイアに分子データを書き出せるようにしたから、あとはメタセコイアからお好きな３Ｄモデル形式に持って行けるはず…。
…ほんとはさらにBlender形式かlwoくらいにも対応したいんだけどファイル形式、どっかに書いてあるかな…。

おまけ：p-ニトロ安息香酸アニオンの基準振動の１つ：前回MolStatからのOpenGL書き出しだったのを、今回はPov-Rayでレンダリングしたアニメーションで。。

超超ひさしぶりにMolStatに手を入れてみた

4～5年まえにのもとが作りかけていたGaussianの結果を可視化するソフトMolStat。
元はモデリングもできるようにしようとか、いろいろ夢は考えていたのだけれども、数年経ってみると、今ならフリーでいろんな事ができるソフトがたくさんあるし、今更モデリングとか計算結果の総合可視化ソフトとして開発する意味もないので放ってありました。

が、昨年の分子科学会でどう見てもMolStatな感じの動画ファイルを使ってくれているプレゼンを目撃してしまったのと、なんかまともに動画ファイルが書き出せないのが申し訳ないなぁ…なんて思っていたこともあって、1年近くたった今、超ひさしぶり（なんと4年ぶり）にMolStatに手を加えてみました。
追加点は以下の通り。

1. まずはHippLinerでまともなAVIファイルを保存するやり方を覚えたので、まずMolStatでもまともなAVIファイルが保存できるようにした。
2. つぎに、分子振動の1周期を等間隔で分割して連番画像ファイルを書き出せる機能をつけた。この機能を使って書き出した連番画像ファイルをアニメーションGIF作成ソフトで無限ループに繋げると、分子振動のアニメGIFファイルが作れます。すなわち分子振動GIFアニメ作成支援機能。
   分子振動をアニメーションさせている状態で「キャプチャ」－「選択中の基準振動を連番画像として保存」で保存すると、基準振動の1周期を環境設定で指定した枚数に分割してその枚数の画像を保存します。あとはフリーソフトのアニメーションGIFソフトかなにかで画像を無限ループさせれば分子振動アニメーションGIFのできあがり。
3. さらに、フリーのレンダラPOV-Rayのシーンファイルを書き出す機能もつけてみた。（アニメーションモードは未対応）

ほんとはやりたいことはまだあるんだけど、まぁ今日のところはとりあえずこれで公開してみます。
なお、ファイルの読み込みが遅いとか、#Pのオプションをつけた計算でないと読み込めないとか、そういう問題は全然手をつけてません。
なお、構造最適化なんかが入っているアウトプットファイルで読み込みが超遅い場合、最後のStandard orientationの部分を前後数行含めて取り出して、さらに基準振動計算部分も前後数行含めてStandard orientationのうしろにくっつけて別ファイルで保存して読み込ませるとすぐに読み出せることがあります。

かけんひ

スタートアップの内定の通知がきた。
こういうの通ったのはじめてなのでとってもうれしい。

山上会館＠東京大学

のもとは今日明日と講演があって東京に上京中。ひさびさに来た東大は驚きの連続です。
ローソンがキャンパス内に増殖していたり（薬学部内のローソンはあれはいったいなんなんだ？なぜ向かいにローソンがあるのにさらにローソンがある？）、大 学近く、不忍池横で奇抜なデザインにより圧倒的な存在感を示していたホテル「ソフィテル」が解体されてしまっていたり（高層ビルって解体することあるん だ・・・）。

そして、今回の東京の宿泊は東大内です。

東大には山上会館という施設があります。この施設は大多数の人にとっては、会議室やレストランがあって学会、懇親会その他ができるような施設、でしかないのですが、実はそれだけでなく、さらに宿泊施設がついています。

さすが東大というべきでしょうか。

ともあれ、その山上会館（別館）。部屋は写真みたいな感じ。Webを見るとわかるように宿泊費は安いわりに結構広い宿泊施設になっています。招聘された外国人なんかが宿泊したりすることもあるからでしょうか。さらにコインランドリーやキッチンがあったりもします。なかなか快適

これまで存在は知っていたものの宿泊する機会なんてなかったので、なんか嬉しかったので、日記エントリを書いてみたのでした。

おしまい。

Web Release in JPCA

博士論文の第３章、２年を経てやっと論文になり、本日Webで公開されました。
"Excited-state structure and dynamics of 1,3,5-tris(phenylethynyl)benzene as studied by Raman and time-resolved fluorescence spectroscopy",
    Tomonori Nomoto, Haruko Hosoi, Tatsuya Fujino, Tahei Tahara and Hiro-o Hamaguchi, J. Phys. Chem. A, 111 (2007), in press.
去年のＧＷはこれを書いて過ごしたので、悲しくも感慨深いような、なんかそんな気がします。