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2008年9月17日 (水)

Metasequoiaファイル書き出し

先週末のPOV-Ray書き出しに続いて、MolStatからフリー&シェアウェアの3Dモデラ、メタセコイアのファイルを書き出せるようにしてみた。原子半径、結合半径、モデル解像度なんかは設定パネル他で変えられます(場所が分散していてごめん)。

…というのは、ふと気がついてみるとPOV-Rayにエクスポートできる分子描画ソフトはそれなりにあるのに、3Dモデラにエクスポートができるソフトって少ないな…って思ったから。確かにVRML経由でモデラに持って行けるソフトならあるんだけど、結合半径とか分子半径を調整して直接モデラに持って行けるソフトってあったっけ?。それぞれ断片的な対応というか、Chem3Dみたいな分子描画ソフトって、分子を綺麗に描けるのは良いけどモデラがくっついてるわけじゃないからたとえば3DCGで概念図を描きたくてもあと一歩力及ばずなことがある気がしたんだよね。…かといって普通のモデラで分子描くのも大変そうだし。

20080917mqo2

まあともあれ、とりあえずメタセコイアに分子データを書き出せるようにしたから、あとはメタセコイアからお好きな3Dモデル形式に持って行けるはず…。
…ほんとはさらにBlender形式かlwoくらいにも対応したいんだけどファイル形式、どっかに書いてあるかな…。

おまけ:p-ニトロ安息香酸アニオンの基準振動の1つ:前回MolStatからのOpenGL書き出しだったのを、今回はPov-Rayでレンダリングしたアニメーションで。。
20080917pNB-NM12

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2008年9月13日 (土)

超超ひさしぶりにMolStatに手を入れてみた

4~5年まえにのもとが作りかけていたGaussianの結果を可視化するソフトMolStat。
元はモデリングもできるようにしようとか、いろいろ夢は考えていたのだけれども、数年経ってみると、今ならフリーでいろんな事ができるソフトがたくさんあるし、今更モデリングとか計算結果の総合可視化ソフトとして開発する意味もないので放ってありました。

が、昨年の分子科学会でどう見てもMolStatな感じの動画ファイルを使ってくれているプレゼンを目撃してしまったのと、なんかまともに動画ファイルが書き出せないのが申し訳ないなぁ…なんて思っていたこともあって、1年近くたった今、超ひさしぶり(なんと4年ぶり)にMolStatに手を加えてみました。
追加点は以下の通り。

  1. まずはHippLinerでまともなAVIファイルを保存するやり方を覚えたので、まずMolStatでもまともなAVIファイルが保存できるようにした。
  2. つぎに、分子振動の1周期を等間隔で分割して連番画像ファイルを書き出せる機能をつけた。この機能を使って書き出した連番画像ファイルをアニメーションGIF作成ソフトで無限ループに繋げると、分子振動のアニメGIFファイルが作れます。すなわち分子振動GIFアニメ作成支援機能。
    分子振動をアニメーションさせている状態で「キャプチャ」-「選択中の基準振動を連番画像として保存」で保存すると、基準振動の1周期を環境設定で指定した枚数に分割してその枚数の画像を保存します。あとはフリーソフトのアニメーションGIFソフトかなにかで画像を無限ループさせれば分子振動アニメーションGIFのできあがり。
  3. さらに、フリーのレンダラPOV-Rayのシーンファイルを書き出す機能もつけてみた。(アニメーションモードは未対応)

Pnb
ほんとはやりたいことはまだあるんだけど、まぁ今日のところはとりあえずこれで公開してみます。
なお、ファイルの読み込みが遅いとか、#Pのオプションをつけた計算でないと読み込めないとか、そういう問題は全然手をつけてません。
なお、構造最適化なんかが入っているアウトプットファイルで読み込みが超遅い場合、最後のStandard orientationの部分を前後数行含めて取り出して、さらに基準振動計算部分も前後数行含めてStandard orientationのうしろにくっつけて別ファイルで保存して読み込ませるとすぐに読み出せることがあります。

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2008年9月10日 (水)

NHK趣味悠々

NHK教育の趣味悠々という番組で、HippLinerが紹介されるのだそうです。
放送日は9月9日20:00~20:25です。
…ということをのもとは今日知りました。

…はい。今日は9月10日ですから、9月9日は昨日です。
なんでも、ソフトの名前とどういうソフトかの簡単な説明がされたのだそうな。

テキスト本の
NHK趣味悠々中高年のためのパソコンシリーズ パソコンソフト活用術入門
164ページに収録&紹介されたのは知っていたのですが、番組でも紹介されるとは思ってもみませんでした。
趣味悠々の番組のページによると、再放送は9月16・23日だそうです。
どんなふうに紹介されるのか楽しみですね。

2008/09/18追記
再放送を見ました。HippLinerの紹介は開始20分すぎの10秒間でしたね。

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